Организација рада у Институту се спроводи кроз организационе јединице и функционалне целине. Организационе јединице у Институту су стручно-истраживачки сектори, кабинет Генералног директора и Извршних директора, одељења заједничких послова и ниже организационе јединице.
Стручно-истраживачки сектори су основне организационе јединице у оквиру којих се обављају стручно-истраживачки послови на реализацији пројеката.
Одељења заједничких послова су организационе јединице у оквиру којих се обављају општи послови потребни за функционисање Инстититута и реализацију пројеката.
Посебна организациона јединица је кабинет Генералног директора и Извршних директора, где се обавља стручна, техничка и административна координација послова у Институту.
Организационе јединице
У оквиру Института организују се следећи стручно-истраживачки сектори:
- Сектор за хидрологију и хидраулику површинских вода
- Сектор за хидрогеологију и хидраулику подземних вода
- Сектор за хидротехничке системе
- Сектор за урбану хидротехнику
- Сектор за грађевинске конструкције
- Сектор за геодезију, геологију и геофизику
- Сектор за софтверски инжењеринг и управљање подацима
- Сектор за машинство, технологију и архитектуру
- Сектор за интегрално управљање водама и земљиштем
- Лабораторија „Јарослав Черни“
Одељења заједничких послова
У оквиру Института организују се следећа одељења:
- Одељење за економско-финансијске послове
- Одељење за правне послове и људске ресурсе
- Одељење за управљање документацијом, информационим системима и технологијама
- Одељење за техничке и помоћне послове
- Служба интерне ревизије