Организација рада у Институту се спроводи кроз организационе јединице и функционалне целине. Организационе јединице у Институту су стручно-истраживачки сектори, кабинет генералног директора и извршних директора, одељења заједничких послова и ниже организационе јединице.

Стручно-истраживачки сектори су основне организационе целине у оквиру којих се обављају стручно-истраживачки послови на реализацији пројеката.

Одељења заједничких послова су организационе целине у оквиру којих се обављају општи послови потребни за функционисање Инстититута и реализацију пројеката.

Посебна организациона целина је Кабинет генералног директора и извршних директора, где се обавља стручна, техничка и административна координација послова у Институту.

Организационе целине

У оквиру Института организују се следећи стручно-истраживачки сектори:

  • Сектор за стратешко планирање, заштиту животне средине и међународну сарадњу
  • Сектор за уређење подземних вода и хидротехничке мелиорације
  • Сектор за уређење површинских вода
  • Сектор за водоснабдевање
  • Сектор за каналисање и третман отпадних вода
  • Сектор за бране и хидроелектране
  • Сектор за хидрологију и примењену информатику
  • Сектор за геологију
  • Хидрауличка лабораторија и мерења
  • Лабораторија „Јарослав Черни“

Одељења заједничких послова

У оквиру Института организују се следећа одељења:

  • Одељење за економско-финансијске послове
  • Одељење за правне послове и људске ресурсе
  • Одељење за управљање документацијом, информационим системима и технологијама
  • Одељење за техничке и помоћне послове
  • Служба интерне ревизије